Botanika Uppsala ligger centralt beläget på Skolgatan precis mellan Kungsgatan och Svartbäcksgatan, med kort avstånd från det centrala shoppingområdet, Uppsala domkyrka samt Uppsala Konsert & Kongress. Området är populärt för cykling och cykeluthyrning finns nära hotellet.
Botanika Uppsala är lätt att nå med tåg, bil och kollektivtrafik. Hotellet ligger bara 10 minuters promenad från centralstationen. Tåg till Uppsala går regelbundet från Stockholm och Arlanda flygplats. Stockholm ligger 40 minuter bort med tåg och Arlanda ligger bara 20 minuter bort. Taxi från Arlanda Airport tar ca 30 minuter och kostar ungefär 500 SEK. Be alltid om fast pris.