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El Botanika Uppsala goza de una céntrica ubicación en Skolgatan, entre Kungsgatan y Svartbäcksgatan, a poca distancia de la zona comercial central, la catedral de Uppsala y el Centro de Conciertos y Congresos de Uppsala. La zona es popular para el ciclismo y se pueden alquilar bicicletas cerca del hotel.

Es fácil llegar a Botanika Uppsala en tren, coche y transporte público. El hotel está a sólo 10 minutos a pie de la estación central. Hay trenes regulares a Uppsala desde Estocolmo y el aeropuerto de Arlanda. Estocolmo está a 40 minutos en tren y Arlanda a sólo 20 minutos. Un taxi desde el aeropuerto de Arlanda tarda unos 30 minutos y cuesta unas 500 SEK. Pide siempre un precio fijo.